Den Heijer speelde in de jeugd van zijn carrière bij Onehunga en kwam onder meer uit voor het Nieuw-Zeelandse nationale elftal onder 17 jaar. Op 18-jarige leeftijd verliet hij huis en haard echter voor een avontuur in Japan, waar hij bij Kashiwa Reysol, dat uitkomt op het hoogste Japanse niveau, ging spelen.
Na een kortstondige uitstap keerde Den Heijer terug naar Nieuw-Zeeland, waar hij onder de Spaanse coach Ramon Tribulietx bij Auckland City kwam te spelen. Hiermee werd hij tot twee keer toe kampioen van Nieuw-Zeeland en won hij evenzo vaak de Champions League van Oceanië, wat twee deelnames aan het WK voor clubteams met zich mee heeft gebracht.
Den Heijer droomde uiteindelijk echter vooral van een mooie carrière op Europees niveau en besloot daarop via Duitsland naar een neef in Nederland te verhuizen. Dat bracht hem bij Ron de Groot en Patrick Pothuizen, onder wie hij een succesvol eerste seizoen beleefde en met wie hij kampioen van de reserveklasse B werd.Debuut
In de voorbereiding op het seizoen 2017-2018 nam nieuwbakken hoofdtrainer Adrie Bogers de jongeling bij de eerste selectie en ook daar liet hij zich direct gelden. Op 8 juli 2017 maakte hij in de vriendschappelijke wedstrijd bij DFS (0 - 3) zijn officieuze debuut voor de club, hij speelde een uur.
Technisch directeur Remco Oversier over het vastleggen van Den Heijer: ‘Met het vastleggen van Michael stroomt er wederom een speler door vanuit de beloften. Michael heeft bewezen de potentie te hebben om zich de komende jaren verder te ontwikkelen bij ons en krijgt de komende tijd dan ook de kans om dit te doen. Met zijn fysieke kracht, zijn enorme winnaarsmentaliteit en zijn grote mate van leergierigheid is het tekenen van zijn eerste profcontract een beloning voor hetgeen hij tot op heden bij ons NEC heeft laten zien. Nu is het aan hem om, net als aan de andere spelers die hun eerste profcontract hebben getekend, zich in het eerste elftal te knokken!’